Tidligt om morgenen den 11. september 2001 overtog nitten flykaprere kontrollen med fire passagerfly som henholdsvis var på vej mod San Francisco og Los Angeles fra Boston, Newark og Washington D.C. Klokken 08:46 fløj American Airlines flynummer 11 direkte ind i World Trade Centers nordlige tårn, efterfulgt af United Airlines flynummer 175, der klokken 9:03 ramte det sydlige tårn.
Klokken 9:37 styrede en anden gruppe af flykaprere American Airlines flynummer 77 ind i Pentagon. Det fjerde fly, United Airlines' flynummer 93, styrtede ned nær Shanksville i Pennsylvania, efter at der opstod en kamp mellem de ombordværende passagerer og flykaprerne. Flyets endelige mål antages at have været enten United States Capitol (mødestedet for den amerikanske kongres) eller Det Hvide Hus.
Under et interview i september 2002, erklærede Khalid Sheikh Mohammed og Ramzi Binalshibh, at det fjerde kaprede fly var på vej mod United States Capitol, og altså ikke Det Hvide Hus. De anførte endvidere, at al-Qaeda oprindeligt planlagde at flyve kaprede jetfly ind i atomkraftværker i stedet for World Trade Center og Pentagon, men det blev besluttet ikke at angribe atomkraftværker på grund af frygten for, at de kunne "komme ud af kontrol”.
Under kapringen af flyene anvendte kaprerne både våben til at stikke og dræbe piloter, kabinepersonale og passagerer. Rapporter fra telefonopkald fra flyene oplyste, at der blev brugt knive af flykaprerne til at stikke personalet, og i mindst to passagerer.
Det er gratis at oprette en konto