Bioinformatik: DNA-fingerprintning af bakterier

I skal i grupper af to lave en kronologisk gennemgang af øvelsens forløb med forklaring af de enkelte metoder.

Under forløbet har vi været i gennem, tre forskellige øvelser som jeg vil lave en kronologisk gennemgang af nedenfor.

DNA- Fingerprintning ( ribotyping) af bakterier:

I denne øvelse skulle vi anvende en teknik der kaldes for ”koloni PCR” for at opnår et DNA-fingerprint for de bakterier har havde inficeret vores to patienter samt hønsene. Vi skulle anvende PCR til at danne et stykke DNA der ligger i 16s rRNA ( Ribosomal RNA) DNA’et. I denne region findes i alle mikroorganismer og de kendetagnes ved at de varierer sig meget efter størrelse og sekvens. Man kan gøre brug af regionen fordi den indeholder både konserverede og konserverede regioner til at designe primere, som kan bindes i alle mikroorganismer. Herimod kun hvis PCR produktet vil variere i længde og sekvens. På den måde kan mikroorganismerne identificeres ud fra det genetiske fingeraftryk som bakterien sætter i for at et DNA fragmentmønster ved skæring af PCR produktet med et restriktionsenzymer.

Der var 5 store trin, vi skulle igennem og hver af trinene havde under trin som jeg benævner nedenfor.

Trin 1. Gik ud på at vi skulle vælge 1 koloni fra de tre plader (patient 1, patient 2, høns) der var lagt frem og derefter skulle vi notere pladens navn.