Karina

Elektroforese Øvelsens formål, er at opklare de to cases ved hjælp af elektroforese.

Elektroforese er en metode der kan adskille DNA, RNA og proteiner efter ladning og størrelse. Dette foregår ved at man laver en gel med nogle brønde. DNA, RNA og proteiner kan vandre igennem disse geler. Adskillelsen foregår ved, at de stoffer man ønsker klarhed overfor puttes ned i nogle brønde i gelen som så nedsænkes i en vandig pH-buffer, dette gør at pH-værdien holdes konstant. Der sættes nu strøm til systemet således, at der er en positiv og en negativ ende af gelen. Da DNA, RNA og proteiner altid er negativt ladede vil de vandre imod den positive pol. Hvor langt stofferne bevæger sig vil afhænge af både ladningen og længden. De små strenge vandrer hurtigere end de store. Da der er en form for tråde i gelen, hvor det er lettere for de små strenge at trænge igennem. Da vi i vores forsøg har brugt farvestof kan vi meget let se hvor langt DNA’et har vandret og hvor mange stykker det er delt op i. Disse stykker kaldes for fragmenter, som er DNA’et der er blevet klippet over i mindre dele, ved hjælp af et restriktionsenzym. Disse enzymer er isoleret fra bakterier og når de bliver blandet med Dna’et, går de ind og klipper det over i flere dele alt afhængig efter det enkelte enzyms funktion. Det klipper ved specielle basesekvenser og på den måde kan man få nye oplysninger om mindre områder af DNA’et. Da det kan være meget svært at aflæse resultaterne, så derfor behandler man proteinerne med et stof der kaldes for SDS, der går ind og gir proteinerne den samme ladning, så det kun er længden af polypeptidet der bestemmer vandringshastigheden i gelen. Dog kan dette være et problem hvis størrelsen af proteinerne er næsten lige store. Her kan man gå ind og lave en todimensional gelelektroforese, da proteiner med samme ladning stort set aldrig har samme ladning kan man også dele dem op efter dette. Dette gøres ved at dele dem op efter deres pH-værdi da de elle er opbygget af forskellige aminosyrer. Vi har dog ikke benyttet os af todimensional elektroforese da der var en tilpas stor længdeforskel af DNA-stykkerne.