Den Alexandrinske Krig startede ved, at Auletes døde af naturlige årsager da han var midt i 60'erne. Auletes havde derfor haft masser af tid til at forberede sine efterfølgere, som han i god traditionen valgte til at være to søskende. Det betød at kleopatra nok havde vist, at hun var meget begavet i en ung alder, så Auletes havde nok tænkt at hun undgik en magt kamp mellem Ptolemaios 13. og Kleopatra. Det kan også være, at forholdet mellem far og datter var meget stærkt, hvilket nok var mere sansynligt, for Kleopatra føjede 'den faderelskende' til en af sine titler. Den titel lod hun blive, selv da hun skiftede gemal. En af de første ting, hun gjorde som dronning, var at arrangere sin fars begravelse. Det var en lang ceremoni med masser af røgelse og salver og høje rituelle klageråb. Da hun blev 18 år, overtog hun energisk rollen som dronning.
Næsten med det samme fik hun brug for alt det, hendes far havde lært hende om, at det var vigtigt at hylde alle guderne og værdsætte folkets kulter. Hun fik lejligheden da Buchis – tyren døde meget kort efter hendes kroning. Den var én blandt mange andre hellige tyre, som dengang var knyttet til solen og Guderne. Tyrens kult befandt sig i det øvre Egypten i Theben. Så kleopatra besluttede sig for at sejle den 900 kilometer lange vej op ad Nilen med den kongelige flåde i fuldt ceremonielt antræk for at sætte sig i spidsen for et overdådigt flydende optog. Alle Egyptens præster mødtes ved denne store begivenhed, som fandt sted under fuldmåne. Omgivet af mylderet af pilgrimme roede 'dronningen som elskede sin far' tyren hen til dens anlæg på Nilens vestbred. Det var en stærk og meget usædvanlig handling til støtte for de indfødte egyptere. 3 dage senere indledte hun ceremonien i templet omgivet af en mangfoldighed af embedsmænd og præster i hvide kapper. Hun kendte området, og indbyggerne var meget postivt indstillet over for hende. Da hun flygtede i 49 f.Kr. blev dette stedet, hvor hun søgte tilflugt.
Det er gratis at oprette en konto